L’ancienne église paroissiale Saint-Jean-Baptiste, qui datait, pour l’essentiel, des XIIIe et XVIe siècles, a été ruinée par les bombardements allemands de mai-juin 1940. Reconstruite sur un nouveau plan et selon une nouvelle orientation, perpendiculaire à la rue de la République, elle a été rebâtie, entre 1955 et 1959, par les architectes parisiens Louis et Henri Marty, sur les plans de l’architecte Grand Prix de Rome, Louis Arretche (1905-1991), connu notamment pour son plan de reconstruction de Saint-Malo. Adoptant une physionomie résolument contemporaine, l’église présente une ossature en béton, revêtue en grande partie d’un parement en dalles de calcaire dur. L’intérieur, ouvert sur un large vaisseau central abondamment éclairé du côté occidental, offre une ornementation particulièrement riche et soignée : de grandes verrières en dalles de verre du peintre Nicolas Untersteller, une belle cuve baptismale en marbre de la sculptrice Claude Mary ou encore un émouvant chemin de croix de Jacques Asselin.
L'église Saint-Jean-Baptiste a été reconstruite, de 1955 à 1959, sur les plans de l'architecte parisien, Grand prix de Rome, Louis Arretche (1905-1991) et de l'architecte, également parisien, Louis Marty. Les architectes d'exécution en ont été les frères Louis et Henri Marty. Le projet de Louis Arretche a été primé à l'issue d'un concours organisé par la Ville de Breteuil, mais également par la voie d'un référendum, organisé dès novembre 1951 auprès de la population à la suite de l'exposition des 11 projets présentés pour la reconstruction de l'église. 453 votants participent à ce référendum et c'est le projet 4, dénommé "Orgues", qui l'emporte largement avec 235 voix.
La première pierre de la nouvelle église est posée le 30 mai 1955 par le nouvel évêque de Beauvais, Pierre-Marie Lacointe. La façade principale, sur la rue de la République, est achevée dès le 2 décembre suivant. Les cloches sont bénites le 16 juin 1956. L'inauguration de l'église a lieu le 22 février 1959 et consacre, en quelque sorte, l'achèvement de la reconstruction de Breteuil. 98 millions de francs auront été affectés aux travaux de l'église en 1954.
Les dimensions de la nouvelle église sont les suivantes : hauteur de la tour avec flèche, 39 m. ; longueur, 32 m. ; largeur, 16 m. Le nombre de places évolue entre 450 et 500.
La nouvelle église, désormais orientée sud-nord, est beaucoup plus grande que la précédente : environ 600 m2 sont dévolus au choeur, au sanctuaire et aux tribunes. Deux sacristies, une des messes et une des mariages, occupent une surface de 76 m2. En retranchant le patio, établi côté ouest, et la galerie (131 m2), la nouvelle église occupe une surface de 750 m2 contre moins de 600 pour l'ancienne.
La décoration sculptée est confiée aux sculpteurs Antonniucci Volti (1915-1990), pour le grand saint Jean-Baptiste en bronze de la façade, Michel Saint-Olive, pour le grand Christ du choeur, Jacques Asselin pour le chemin de croix, Claude Mary (née en 1929) pour l'originale cuve baptismale en marbre, Van Thé et J. Michel pour les autels latéraux.
Les vitraux sont l'oeuvre, pour leur conception, du maître Nicolas Untersteller (1900-1968), Grand prix de Rome en 1928, directeur de l'Ecole nationale des beaux-arts (1947-1968), auteur, notamment, de peintures à fresque pour les églises du Sant-Esprit et Saint-Pierre-de-Chaillot à Paris (1932-1937) et de cartons de vitraux pour l'église Sainte-Thérèse de Metz. A Breteuil, lui est confiée la réalisation de maquettes et de cartons pour l'ensemble des verrières, en particulier le grand vitrail de 70 m2 du flanc ouest.